L'histoire débute près d'un pin mystérieux au col d'une montagne qui brille la nuit, où un samouraï au cœur tendre (doublé par Hidenori Takahashi) décide de se rendre sur une terre interdite afin de sauver Nanami Doujima (doublée par Yuki Kuwahara), la fille d'un forgeron endetté et constamment irresponsable avec son argent du nom de Gunji Doujima (doublé par Atsushi Imaruoka) qui a été enlevée. Katana Kami sera un action RPG de type hack-and-slash, avec des donjons générés automatiquement, ce qui augmentera la rejouabilité. Grâce à son épée offerte par le forgeron, le samouraï aura la capacité de manipuler les trois influences (Akadama Clan, Kurou Family et Post Town) qui se situent autour du col de la montagne (. Les actions disponibles seront différentes en fonction du katana et du type d'arme équipés. Le but du héros : gagner de l'argent, rembourser la dette du forgeron et sauver sa fille.