A la suite d'un combat avec Eggman pour les 7 émeraudes du Chaos, Sonic et ses amis sont transportés dans une autre dimension et plus précisément sur Terre. Avec l'aide de leur nouvel ami Christopher Thorndyke, ils partent à la recherche des émeraudes afin de retourner dans leur monde. Eggman, de son côté, a trouvé une autre utilisation aux émeraudes du chaos. D'après les informations données par d'anciennes tablettes, Chaos, un monstre d'eau, obtiendrai un pouvoir destructeur illimité grâce aux 7 émeraudes. Eggman va donc en faire son arme absolue pour vaincre Sonic. Cet anime se divise en deux saisons en France. La première saison est basée sur le scénario des jeux vidéo "Sonic Adventure" 1 et 2, sortis respectivement sur Dreamcast en 1998 et 2001. En revanche, la deuxième saison bénéficie d'un nouveau scénario mais reste liée avec la précédente saison. En effet, entre la série et le jeu, certaines différences sont visibles notamment la présence du jeune garçon Chris.